Rolę Instytucji Zarządzającej Programem Inicjatywy Wspólnotowej EQUAL pełni w Polsce Ministerstwo Rozwoju Regionalnego. Podstawowym zadaniem Instytucji Zarządzającej jest przygotowanie dokumentów programowych IW EQUAL (Program Inicjatywy Wspólnotowej oraz Uzupełnienie Programu) i nadzorowanie wdrażania programu. Instytucja Zarządzająca podejmuje ostateczną decyzję o zatwierdzeniu wyboru Partnerstw na rzecz Rozwoju (PRR). Jest ona także odpowiedzialna za wdrażanie systemu zarządzania i kontroli w celu zapewnienia prawidłowości operacji finansowych, a ponadto za koordynację procesu włączania rezultatów EQUAL do polityki krajowej i europejskiej (proces mainstreamingu).
Poszczególne projekty w ramach PIW EQUAL są realizowane przez Partnerstwa na rzecz Rozwoju. W skład Partnerstwa wchodzi kilka instytucji lub organizacji, które zdecydują się połączyć swoje wysiłki oraz zasoby w celu rozwiązania danego problemu związanego z nierównością lub dyskryminacją na rynku pracy.
Usługi doradczo-wspomagające dla Partnerstw na rzecz Rozwoju wdrażających program oraz grup Partnerstw - czyli tzw. sieci tematycznych zapewnia Krajowa Struktura Wsparcia (KSW). Do zadań KSW należy m.in.: prowadzenie działalności promocyjno-informacyjnej i szkoleń dla PRR; organizacja konkursu projektów i przyjmowanie wniosków; podpisywanie umów finansowania PRR; pomoc w zawiązywaniu Partnerstw czy kontrolowanie podejmowanych przez nie przedsięwzięć. W Polsce funkcję KSW pełni Fundacja "Fundusz Współpracy". W ramach Fundacji zadania KSW realizowane są przez Biuro Koordynacji Kształcenia Kadr (BKKK) będące jednostką organizacyjną Fundacji.
Wdrażanie programu jest nadzorowane przez Komitet Monitorujący - kolegialne ciało powoływane przez Instytucję Zarządzającą. Do zadań Komitetu należy m.in.: zatwierdzanie Uzupełnienia Programu oraz jego ewentualnych zmian, opiniowanie wyboru Partnerstw na rzecz Rozwoju, nadzorowanie postępów w osiąganiu celów programu, zatwierdzanie raportów rocznych z wdrażania programu przygotowanych przez Instytucję Zarządzającą przed wysłaniem do Komisji Europejskiej. Członkowie Komitetu Monitorującego biorą również udział w procesie włączania rezultatów IW EQUAL do głównego nurtu polityki (proces mainstreamingu).
Komitetowi przewodniczy Minister Rozwoju Regionalnego lub wskazana przez niego osoba. W skład Komitetu wchodzą, oprócz przedstawicieli Instytucji Zarządzającej i Instytucji Płatniczej, także przedstawiciele ministerstw i urzędów centralnych oraz innych instytucji zaangażowanych w walkę z dyskryminacją i nierównością na rynku pracy; reprezentanci władz samorządowych, partnerów społecznych, ekspertów, organizacji pozarządowych. W posiedzeniach Komitetu uczestniczą ponadto (w charakterze obserwatorów) przedstawiciele Komisji Europejskiej oraz Krajowej Struktury Wsparcia.
W Polsce w latach 2004-2008 na realizację PIW EQUAL przeznaczono ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego 133,99 mln euro, natomiast z budżetu krajowego przewidziano 44,64 mln euro. Do kontroli środków finansujących projekty realizowane w ramach IW EQUAL upoważnione są zarówno instytucje krajowe, jak i europejskie.